報告題目:超級增強子的生物信息學分析
報告人:李春权? 教授
報告人简介:
李春权,博士,教授,研究生导师,哈尔滨医科大学大庆校区医学信息学系副主任(正科级),哈医大大庆校区生物信息学科带头人,黑龙江省生物信息学学会理事,全国生物信息暑期学校培训教师,全国生物信息主干教师培训班讲座教师。主要研究偏向是恶性肿瘤、心血管等庞大疾病的基因转录调控、上下游网络及通路的调控机制研究。在Nucleic Acids Research、Briefing in bioinformatics、Bioinformatics等国际高水平杂志上发表文章60篇。
代表性结果:
1、開發的SEdb超級增強子數據庫(http://www.licpathway.net/sedb/),是目前世界上最全面的人類的超級增強子生物信息資源庫。
2、开发的SubpathwayMiner等子通路识别相关软件平台被高影响力的顶级综述杂志Nature reviews cancer所引用,而且被列入杂志论文的通路识别软件列表,推荐给各国的癌症研究人员使用该系统。同时被列入的通路识别软件GSEA、SPIA等均为国际最著名的通路识别软件之一,讲明SubpathwayMiner软件平台已进入国际主流通路识别软件行列。SubpathwayMiner等相关软件平台2011年也被美国化学综述杂志CHEMICAL REVIEWS、美国年度综述杂志ANNUAL REVIEWS两大国际顶级杂志所引用和推荐研究人员使用。
報告簡介:
超级增强子 (Super Enhancer, SE)是近年来发现的能够控制要害基因转录的一组新的DNA调控元件。由于许多肿瘤细胞要害致癌基因由超级增强子驱动,超级增强子有潜力成为理想的抗癌靶点,已成为世界科技前沿的研究热点。SEdb生物信息资源库通过整合NCBI中的SRA、ENCODE、Roadmap、GGR的H3K27AC的原始测序数据,从凌驾三千个样本中筛选出542套H3K27AC组卵白乙酰化修饰数据,使用生物信息学系列软件与算法,通过大量盘算挖掘获得最全面关于人类的超级增强子SEdb生物信息资源库。SEanalysis工具(http://licpathway.net/SEanalysis/index.do)屬于一款在線軟件分析平台,能夠提供三種強大的超級增強子上下遊調控分析。通過借助強大的生物信息學網絡技術,構建了超級增強子、下遊靶基因、轉錄因子及上遊信號通路的複雜調控網絡。基于數百個細胞/組織的複雜調控網絡,開發了三套超級增強子相關的調控分析战略:(1)通路下遊增強子分析(2)超級增強子上遊調控分析(3)基因組區域分析。
時間:2019年5月8日(周三),13:40-15:10
地點:生命科學學院608會議室
歡迎列位老師和同學參加,並參與交流!
?????????????????????????????????????????????????????????????????生命科學學院
?????????????????????????????????????????????????????????????2019年4月30日