報告題目一：尋找基因組中的守旧子序列-問題與算法

报 告 人：朱大铭（山东大学）

主辦單位：信息與計算機工程學院

報告時間：2019年11月17日（周日），10:30--11:30

地點：成棟樓928會議室

報告內容：給出通過基因組序列比較尋找基因組最長公共樣本子序列的組合問題模型，設計該問題的動態規劃求解算法。針對人類基因組和大猩猩基因組，給出利用我們算法獲得了兩個基因組每條對應染色體的公共樣本子序列。

報告人簡介：朱大銘，山東大學計算機科學與技術學院教授，博士生導師。中國計算機學會理論計算機科學專委會常務委員，生物信息學專委會委員。長期從事計算生物學/生物信息學，算法與計算複雜性研究。擅長基因組數據分析的組合優化問題建模，算法和近似算法設計。發表學術論文150余篇，被他人引用700余次。在基因組結構比較算法，基于基因組比較的基因組數據分析研究中取得的算法與複雜性進展，受到國內外同行的廣泛關注。

報告題目二：Optimal control nodes in disease-perturbed networks as targets for combination therapy

報告人：高琳（西安電子科技大學）

主辦單位：信息與計算機工程學院

報告時間：2019年11月17日（周日），14:30--15:30

地點：成棟樓928會議室

報告內容：Most combination therapies are developed based on targets of existing drugs, which only represent a small portion of the human proteome.We introduce a network controllability-based method, OptiCon, for de novo identification of synergistic regulators as candidates for combination therapy. These regulators jointly exert maximal control over deregulated genes but minimal control over unperturbed genes in a disease. Using data from three cancer types, we show that 68% of predicted regulators are either known drug targets or have a critical role in cancer development. Predicted regulators are depleted for known proteins associated with side effects. Predicted synergy is supported by disease-specific and clinically relevant synthetic lethal interactions and experimental validation. A significant portion of genes regulated by synergistic regulators participate in dense interactions between co-regulated subnetworks and contribute to therapy resistance. OptiCon represents a general framework for systemic and de novo identification of synergistic regulators underlying a cellular state transition.

報告人簡介：高琳，女，博士，西安电子科技大学盘算机科学与技术学院二级教授。西安电子科技大学学术委员会委员。盘算机学会“生物信息专委员会”副主任，人工智能学会“生物信息学与人工生命专委会”副主任，运筹学会“盘算生物信息学分会”常务理事。在生物数据挖掘与分析、模式识别与机械学习、图论与组合优化方面进行了恒久研究，肩负了国家自然科学基金重点、重大研究计划和面上等项目，在Nature Communications, Advanced Science, Nucleic Acids Research, Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics等期刊发表论文100余篇。

報告題目三：核小體組裝的動力學模型及實驗研究

报 告 人：蔡禄（內蒙古科技大學）

主辦單位：信息與計算機工程學院

報告時間：2019年11月17日（周日），15:30--16:30

地點：成棟樓928會議室

報告內容：真核生物中約147bpDNA以左手超螺旋形式纏繞在組卵白八聚體上，形成稱之爲核小體的高級結構，核小體是染色質結構的基本單位。核小體在基因組上的線性位置、其大溝或小溝相對組卵白的旋轉方位稱爲核小體定位。核小體定位在染色質結構層面調控基因表達過程中發揮重要作用，核小體定位依賴于基因序列中特定的模式以及DNA甲基化、組卵白修飾及染色質重塑子等內在和外在的因素。研究、理解核小體組裝、解聚的機理是理解核小體參與基因表達調控過程的基礎。本事情首先基于化學反應動力學理論提出核小體組裝及解聚的動力學模型；然後，基于核小體體外組裝技術，針對人工設計的DNA序列，使用諸如凝膠電泳技術、熒光熱漂移（FTS）技術、熒光共振能量轉移（FRET）技術等進行實驗驗證。從理論和實驗兩個方面較好地對核小體組裝息争聚的動力學機制進行了解釋。

報告人簡介：蔡禄，內蒙古科技大學生命科学与技术学院教授，博士生导师。內蒙古自治區“功效基因組生物信息學重點實驗室”主任，“表觀遺傳學與生物信息學科技創新團隊”負責人。開展生物信息學、表觀遺傳學等領域研究。曾經從事研究偏向有：基因序列的信息學分析、DNA結構、卵白質-卵白質相互作用等。目前主要關注基因表達在表觀遺傳學層面的調控機制，開展核小體定位、組卵白修飾、RNA可變剪接等問題研究。獲國家自然科學獎三等獎1項，內蒙古自治區自然科學獎一等獎1項，自治區科技進步獎一等獎、二等獎各1項，獲自治區優秀教學结果獎一等獎2項。主持國家自然科學基金項目5項，發表SCI收錄40余篇。出书《表觀遺傳學前沿》學術專著1部，《生物信息學》教材3部。中國細胞生物學學會功效基因組信息學與系統生物學分會委員、中國生物工程學會生物信息學與計算生物學分會委員。